Hier ein Tipp, wie Ihr sie gezielt suchen könnt:

Alle drei ändern Ihren Aufenthaltsort, wenn Ihr es auch macht. Begebt Euch auf eine Route, die an eine andere Route grenzt. Am optimalsten sind die Routen 14 und 15 (östlich von Fuchsania City). Lauft in das hohe Gras von Route 14 und setzt „Schutz“ ein. Wird Euch kein Pokemon angreifen, befinden sich Entei/Raikou/Suicune nicht hier. Wechselt dann auf Route 15 und sucht erneut im hohen Gras. Führt dies solange fort, bis Ihr von Entei/Raikou/Suicune angegriffen werdet.
Ist dies der Fall, werden sie sofort fliehen und den Ort verlassen. Deshalb solltet Ihr ein Pokemon mit hoher Initiative an die erste Stelle setzen und es mit Attacken wie Horrorblick an der Flucht hindern. Auch Pokemon mit der Fähigkeit „Wegsperre“ oder „Auswegslos“ (Digda, Digdri) können es am Fliehen hindern.

Am meisten erhöht Ihr Eure Chance, es zu fangen, wenn es schläft und wenig KP übrig hat.