Im Verlauf der aufeinander folgenden Missionen geht es stets darum, Eure Truppe auszubauen: sei es durch Herstellung neuer Kampfmaschinen oder durch Eingliederung neutraler Roboter. Fühlt Ihr Euch dann gut genug gerüstet, müsst Ihr einen bestimmten Kampfauftrag (Angriff oder Verteidigung) durchführen. Dabei könnt Ihr selbst mitten im Geschehen fechten, indem Ihr in 1st- oder 3rd-Person-Perspektive selbst eine Kampfmaschine bedient, oder alles taktisch von oben mit besserem Überblick steuert.
Der Aufbauteil von Parkan: Iron Strategy könnt Ihr durchaus mit einer Art Command & Conquer in 3D vergleichen. Zuerst gilt es, die Energieversorgung mit dem Besetzen von Kraftwerken sicher zu stellen. Diese sind verlassene Relikte der Aliens „Baumeister“, die nicht erweitert werden können. Energie ist daher immer begrenzt! Dann müsst Ihr mit Minen mineralische Rohstoffe zum Bau neuer Roboter fördern. Weiter steht der Bau einer Fabrikhalle an, um neue Roboter entwickeln und herstellen zu können. Schließlich könnt Ihr noch Verteidigungsanlagen und Kommandobunker bauen, um Eure neuen Errungenschaften vor Übergriffen des Feindes schützen zu können. Etwas umständlich: Wollt Ihr die Einrichtungen und Gebäude benutzen (z.B. den Bunker, um Eure Truppen zu steuern), so müsst Ihr Euch mit Eurem Kapitän immer erst in den Raum mit den virtuellen „Rechenknechten“ begeben. All dieses bauliche Streben ist aber ohnehin nur Beiwerk und Mittel zum Zweck – nämlich zum Kampf mit den Mechs.
Im kämpferischen Teil des Spiels müsst Ihr dann in packenden 3D-Gefechten Euren Mann oder Eure Frau stehen. In der Hektik der Echtzeit-Schlacht ist das bisweilen kein leichtes Unterfangen. Die verkomplizierte Steuerung der Roboter-Einheiten tut ein übriges dazu. Mitten im Geschehen den Überblick zu behalten, ist schon eine Kunst für sich. Weiter ist es notwenig, dass Ihr auch Euren eigenen Robotern Befehle gebt. Zudem müsst Ihr noch Euren Mech bedienen und nicht zuletzt dafür sorgen, dass Ihr selbst mit heiler Haut davon kommt. Eure Gegner behaltet Ihr dabei per Radar, Zoom und nachts per Infrarot-Sicht im Visier. Eine Autoreparatur-Funktion sorgt dafür, dass die schlimmsten Schäden am Bot sofort behoben werden und er nicht mitten auf dem Schlachtfeld als Zielscheibe stehen bleibt. Aufmunitionieren und richtige Reparaturen könnt Ihr allerdings nur auf speziellen Reparatur-Decks (z.B. bei Eurer Fabrik) vornehmen lassen.
Natürlich stehen Euch auch die unterschiedlichsten Roboter-Typen zur Verfügung: Vom flinken Aufklärungs-Bot bis zum superschweren Kampf-Ungetüm mit unzähligen Türmen und Kanonen findet Ihr so ziemlich alles. Fleißige Transportroboter sorgen beispielsweise dafür, dass die Rohstoffe von der Mine in die Fabrik oder ins Lager kommen. Und geschickte Bauroboter erstellen für Euch neue Gebäude und Einrichtungen. Die meisten dieser Roboter sind mit Raketen, Flammenwerfern oder Lasergeschützen bewaffnet und manche können sogar fliegen. Ihr könnt aber auch selbst solche Roboter entwerfen, entwickeln und bauen. Dazu gibt es ein unübersichtliches Interface in der Fabrikhalle.
Als Gegner kommen feindliche Roboter und wilde Tiere wie die giftigen, schwebenden Medusen in Frage. Vor allem Letztere stellen eigentlich nur in der Masse eine Herausforderung dar. Einzelne Kampf-Roboter der Windigo-Banditen können mit gezielten Feuerstößen ziemlich schnell ausgeschaltet werden. Bisweilen trefft Ihr auch auf Einheiten von feindlichen Außerirdischen, die natürlich über eine überlegene Technologie verfügen. Koordinierte Angriffe sind von der feindlichen KI allerdings kaum zu erwarten. Die Feinde stehen eher planlos in der Gegend rum, greifen vereinzelt an oder kommen ungeordnet wie ein aufgeschreckter Hühnerhaufen daher. Noch die stärkste Gegenwehr geht von den gegnerischen Bunkern aus. Diese feuern aus ihren schwer gepanzerten Türmen gleich Salven von Raketen auf Euch ab, so dass es kaum ein Durchkommen gibt. Da ist dann wieder die richtige Taktik gefragt. Oft bringt nur die Kombination der verschiedenen Waffen oder ein Ablenkungsmanöver den Sieg. Überhaupt ist ein draufgängerisches Verhalten wie in einem Ego-Shooter hier kaum anzuraten.